Nachdem ich auf einen Pelletkessel umgestellt habe, sind Endenergiebedarf und Heizungsverluste stark angestiegen

Das ist ganz normal. Der Endenergieverbrauch wird berechnet über die verbrauchte Menge des Energieträgers multipliziert mit dem Heizwert in kWh pro Menge des Energieträgers. Da der Heizwert von Holz im Vergleich zu Öl und Gas deutlich geringer ist, ist auch der Wert für die Endenergie höher.
Die Heizungsverluste kommen unter anderem daher, dass die Verluste beim Anfahren deutlich höher sind. Dazu kommt noch ein geringerer Teillastwirkungsgrad der Pelletkessel und eine schlechtere Anlagenaufwandszahl. Dadurch kommt es dann zu den zum Teil auch deutlich größeren Heizungsverlusten, wobei der Wert nicht direkt mit dem Brennstoffverbrauch  zusammenhängt und die Pelletanlagen vom Primärenergiebedarf deutlich besser sind als beispielsweise Gasheizungen.
Um die Verluste rechnerisch ein wenig zu reduzieren, wäre es noch möglich, die Anlage nicht als Biomasse-Erzeuger, sondern als Standardkessel anzulegen. Da kann als Brennstoff auch Holz ausgewählt werden und es ist bei den Erzeugerdaten möglich, den Teillastwirkungsgrad einzugeben. Dadurch kann die Anlagenaufwandszahl und somit die Verluste verbessert werden.
Eine weitere Alternative wäre die Berechnung nach der DIN 18599, bei der auch „bessere“ Werte hinterlegt sind.